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    PDB 4pah-8cat
    PDB 8cpp-9nse

Iron in the structure of Solution Structures of Ferrocytochrome C3 From Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki F (pdb 1it1)






The binding sites of Iron atom in the structure of Solution Structures of Ferrocytochrome C3 From Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki F (pdb code 1it1). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Iron atom.
The 1it1 structure was solved by E.HARADA, Y.FUKUOKA, T.OHMURA, A.FUKUNISHI, G.KAWAI, T.FUJIWARA, H.AKUTSU, with NMR in Solution technique.


Iron Binding Sites:

Iron binding site 1 out of 4 in 1it1


Iron binding site 1 out of 4 in 1it1
Click to enlarge
stereopicture of Iron binding site 1 out of 4 in 1it1
Click to enlarge
Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Iron in the PDB 1it1. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Tyr43, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Tyr43, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: Cys33, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Leu9, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Leu9, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Tyr43, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Tyr43, A: Hec201, A: Hec202, A: Ala4, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Tyr43, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Leu9, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Tyr43, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: Cys33, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: His34, A: Hec201, A: Hec202, A: Pro5, A: Phe20, A: His22, A: Cys33, A: His34, A: Hec201, A: Hec202,

conact list:


AtomAtomDistance (A)
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
FeHD2 A:His223.39
FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
FeCD2 A:His343.09
FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
FeND1 A:His344.38
FeCE1 A:His343.27
FeC2D A:Hec2014.21
FeNA A:Hec2011.94
FeCHA A:Hec2013.38
FeC2A A:Hec2014.21
FeC1D A:Hec2012.98
FeC4A A:Hec2013.00
FeC4B A:Hec2012.99
FeC3A A:Hec2014.22
FeHHA A:Hec2014.47
FeC1C A:Hec2013.00
FeC2C A:Hec2014.22
FeNB A:Hec2011.94
FeHHC A:Hec2014.47
FeFE A:Hec2010.00
FeC3B A:Hec2014.23
FeC4D A:Hec2012.99
FeNC A:Hec2011.94
FeCHB A:Hec2013.38
FeCHC A:Hec2013.38
FeC3D A:Hec2014.21
FeC4C A:Hec2012.97
FeC2B A:Hec2014.22
FeHHB A:Hec2014.47
FeND A:Hec2011.93
FeCHD A:Hec2013.34
FeC1B A:Hec2012.99
FeHHD A:Hec2014.42
FeC3C A:Hec2014.20
FeC1A A:Hec2012.99
FeCBB A:Hec2024.83
FeHBB1 A:Hec2024.14
FeHBB3 A:Hec2024.50
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
FeHD2 A:His223.39
FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
FeCD2 A:His343.09
FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
FeND1 A:His344.38
FeCE1 A:His343.27
FeC2D A:Hec2014.21
FeNA A:Hec2011.94
FeCHA A:Hec2013.38
FeC2A A:Hec2014.21
FeC1D A:Hec2012.98
FeC4A A:Hec2013.00
FeC4B A:Hec2012.99
FeC3A A:Hec2014.22
FeHHA A:Hec2014.47
FeC1C A:Hec2013.00
FeC2C A:Hec2014.22
FeNB A:Hec2011.94
FeHHC A:Hec2014.47
FeFE A:Hec2010.00
FeC3B A:Hec2014.23
FeC4D A:Hec2012.99
FeNC A:Hec2011.94
FeCHB A:Hec2013.38
FeCHC A:Hec2013.38
FeC3D A:Hec2014.21
FeC4C A:Hec2012.97
FeC2B A:Hec2014.22
FeHHB A:Hec2014.47
FeND A:Hec2011.93
FeCHD A:Hec2013.34
FeC1B A:Hec2012.99
FeHHD A:Hec2014.42
FeC3C A:Hec2014.20
FeC1A A:Hec2012.99
FeCBB A:Hec2024.83
FeHBB1 A:Hec2024.14
FeHBB3 A:Hec2024.50
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
FeHD2 A:His223.39
FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
FeCD2 A:His343.09
FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
FeND1 A:His344.38
FeCE1 A:His343.27
FeC2D A:Hec2014.21
FeNA A:Hec2011.94
FeCHA A:Hec2013.38
FeC2A A:Hec2014.21
FeC1D A:Hec2012.98
FeC4A A:Hec2013.00
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FeC3A A:Hec2014.22
FeHHA A:Hec2014.47
FeC1C A:Hec2013.00
FeC2C A:Hec2014.22
FeNB A:Hec2011.94
FeHHC A:Hec2014.47
FeFE A:Hec2010.00
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FeCHC A:Hec2013.38
FeC3D A:Hec2014.21
FeC4C A:Hec2012.97
FeC2B A:Hec2014.22
FeHHB A:Hec2014.47
FeND A:Hec2011.93
FeCHD A:Hec2013.34
FeC1B A:Hec2012.99
FeHHD A:Hec2014.42
FeC3C A:Hec2014.20
FeC1A A:Hec2012.99
FeCBB A:Hec2024.83
FeHBB1 A:Hec2024.14
FeHBB3 A:Hec2024.50
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
FeHD2 A:His223.39
FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
FeCD2 A:His343.09
FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
FeND1 A:His344.38
FeCE1 A:His343.27
FeC2D A:Hec2014.21
FeNA A:Hec2011.94
FeCHA A:Hec2013.38
FeC2A A:Hec2014.21
FeC1D A:Hec2012.98
FeC4A A:Hec2013.00
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FeC3A A:Hec2014.22
FeHHA A:Hec2014.47
FeC1C A:Hec2013.00
FeC2C A:Hec2014.22
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FeHBB1 A:Hec2024.14
FeHBB3 A:Hec2024.50
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
FeHD2 A:His223.39
FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
FeCD2 A:His343.09
FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
FeND1 A:His344.38
FeCE1 A:His343.27
FeC2D A:Hec2014.21
FeNA A:Hec2011.94
FeCHA A:Hec2013.38
FeC2A A:Hec2014.21
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FeC1A A:Hec2012.99
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FeHBB1 A:Hec2024.14
FeHBB3 A:Hec2024.50
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
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FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
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FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
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FeCE1 A:His343.27
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FeC3A A:Hec2014.22
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FeC2C A:Hec2014.22
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FeHHC A:Hec2014.47
FeFE A:Hec2010.00
FeC3B A:Hec2014.23
FeC4D A:Hec2012.99
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FeCHC A:Hec2013.38
FeC3D A:Hec2014.21
FeC4C A:Hec2012.97
FeC2B A:Hec2014.22
FeHHB A:Hec2014.47
FeND A:Hec2011.93
FeCHD A:Hec2013.34
FeC1B A:Hec2012.99
FeHHD A:Hec2014.42
FeC3C A:Hec2014.20
FeC1A A:Hec2012.99
FeCBB A:Hec2024.83
FeHBB1 A:Hec2024.14
FeHBB3 A:Hec2024.50
FeCD A:Pro54.85
FeHD2 A:Pro54.16
FeHD3 A:Pro54.69
FeHD2 A:Phe204.71
FeCE2 A:Phe204.47
FeHE2 A:Phe203.59
FeCD2 A:His223.20
FeCG A:His224.39
FeHD2 A:His223.39
FeNE2 A:His222.20
FeHE1 A:His223.46
FeND1 A:His224.38
FeCE1 A:His223.23
FeCD2 A:His343.09
FeCG A:His344.32
FeHD2 A:His343.22
FeNE2 A:His342.18
FeHE1 A:His343.56
FeND1 A:His344.38
FeCE1 A:His343.27
FeC2D A:Hec2014.21
FeNA A:Hec2011.94
FeCHA A:Hec2013.38
FeC2A A:Hec2014.21
FeC1D A:Hec2012.98
FeC4A A:Hec2013.00
FeC4B A:Hec2012.99
FeC3A A:Hec2014.22
FeHHA A:Hec2014.47
FeC1C A:Hec2013.00
FeC2C A:Hec2014.22
FeNB A:Hec2011.94
FeHHC A:Hec2014.47
FeFE A:Hec2010.00
FeC3B A:Hec2014.23
FeC4D A:Hec2012.99
FeNC A:Hec2011.94
FeCHB A:Hec2013.38
FeCHC A:Hec2013.38
FeC3D A:Hec2014.21
FeC4C A:Hec2012.97
FeC2B A:Hec2014.22
FeHHB A:Hec2014.47
FeND A:Hec2011.93
FeCHD A:Hec2013.34
FeC1B A:Hec2012.99
FeHHD A:Hec2014.42
FeC3C A:Hec2014.20
FeC1A A:Hec2012.99
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Iron binding site 2 out of 4 in 1it1


Iron binding site 2 out of 4 in 1it1
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stereopicture of Iron binding site 2 out of 4 in 1it1
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Iron in the PDB 1it1. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202, A: Cys33, A: His35, A: Val37, A: His52, A: Ala62, A: Ala68, A: Phe76, A: Hec202,

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interactive model:


Iron binding site 3 out of 4 in 1it1


Iron binding site 3 out of 4 in 1it1
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stereopicture of Iron binding site 3 out of 4 in 1it1
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Iron in the PDB 1it1. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204, A: Phe20, A: Thr24, A: His25, A: Cys79, A: His83, A: Leu97, A: Hec201, A: Hec203, A: Hec204,

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AtomAtomDistance (A)
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FeC4B A:Hec2032.99
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FeC1D A:Hec2033.01
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interactive model:


Iron binding site 4 out of 4 in 1it1


Iron binding site 4 out of 4 in 1it1
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stereopicture of Iron binding site 4 out of 4 in 1it1
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Iron in the PDB 1it1. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Gln16, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: Tyr66, A: His70, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Val18, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Val18, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Tyr66, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Val18, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204, A: Gln16, A: Val18, A: Met69, A: His70, A: Val80, A: Cys100, A: His106, A: Hec204,

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