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Iron in the structure of Clostridium Pasteurianum Ferredoxin (pdb 1clf)






The binding sites of Iron atom in the structure of Clostridium Pasteurianum Ferredoxin (pdb code 1clf). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Iron atom.
The 1clf structure was solved by I.BERTINI, A.DONAIRE, B.A.FEINBERG, C.LUCHINAT, M.PICCIOLI, H.YUAN, with NMR in Solution technique.


Iron Binding Sites:

Iron binding site 1 out of 8 in 1clf


Iron binding site 1 out of 8 in 1clf
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stereopicture of Iron binding site 1 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Ser10, A: Cys11, A: Gly12, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Ser10, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Ser10, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Ala51, A: Sf456,

conact list:


AtomAtomDistance (A)
FeCG2 A:Ile44.04
FeN A:Cys84.99
FeCB A:Cys83.38
FeSG A:Cys82.25
FeC A:Cys84.36
FeCA A:Cys83.74
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FeS2 A:Sf4562.21
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interactive model:


Iron binding site 2 out of 8 in 1clf


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stereopicture of Iron binding site 2 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Ser10, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Ser10, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456, A: Cys8, A: Val9, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Sf456,

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interactive model:


Iron binding site 3 out of 8 in 1clf


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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Ala15, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Ala15, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Ala15, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Ala13, A: Cys14, A: Ala15, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Ile4, A: Cys8, A: Cys11, A: Gly12, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Ala13, A: Cys14, A: Phe30, A: Cys47, A: Sf456,

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FeSG A:Cys474.56
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FeFE1 A:Sf4562.65
FeFE3 A:Sf4560.00
FeS4 A:Sf4562.21
FeFE2 A:Sf4562.62
FeS2 A:Sf4562.20
FeFE4 A:Sf4562.64
FeS3 A:Sf4563.77
FeCD1 A:Ile44.82
FeSG A:Cys84.64
FeSG A:Cys114.51
FeO A:Ala134.60
FeN A:Ala134.77
FeC A:Ala134.42
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interactive model:


Iron binding site 4 out of 8 in 1clf


Iron binding site 4 out of 8 in 1clf
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stereopicture of Iron binding site 4 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 4 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456, A: Cys8, A: Cys11, A: Cys14, A: Cys47, A: Pro48, A: Val49, A: Ala51, A: Pro52, A: Sf456,

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Iron binding site 5 out of 8 in 1clf


Iron binding site 5 out of 8 in 1clf
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stereopicture of Iron binding site 5 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 5 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
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interactive model:


Iron binding site 6 out of 8 in 1clf


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stereopicture of Iron binding site 6 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 6 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Ile38, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Ile38, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Ile38, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Cys37, A: Ile38, A: Asp39, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457,

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interactive model:


Iron binding site 7 out of 8 in 1clf


Iron binding site 7 out of 8 in 1clf
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stereopicture of Iron binding site 7 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 7 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Ile32, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Tyr2, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Ile32, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Ile32, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Tyr2, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Ile32, A: Cys37, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Cys18, A: Ile23, A: Ile32, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Tyr2, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457, A: Tyr2, A: Cys18, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Gly41, A: Asn42, A: Cys43, A: Ala44, A: Sf457,

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FeFE4 A:Sf4572.64
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FeCB A:Cys184.82
FeSG A:Cys184.58
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FeSG A:Cys374.53
FeSG A:Cys404.57
FeO A:Asn422.96
FeC A:Asn423.75
FeCA A:Asn424.98
FeN A:Cys434.09
FeCB A:Cys433.20
FeSG A:Cys432.17
FeC A:Cys434.91
FeCA A:Cys434.10
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FeFE1 A:Sf4572.62
FeFE3 A:Sf4570.00
FeS4 A:Sf4572.22
FeFE2 A:Sf4572.64
FeS2 A:Sf4572.21
FeFE4 A:Sf4572.64
FeS3 A:Sf4573.76
FeCB A:Cys184.82
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interactive model:


Iron binding site 8 out of 8 in 1clf


Iron binding site 8 out of 8 in 1clf
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stereopicture of Iron binding site 8 out of 8 in 1clf
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Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 8 of Iron in the PDB 1clf. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Iron atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Ile38, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Asn42, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ala22, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457, A: Cys18, A: Pro19, A: Val20, A: Ile23, A: Cys37, A: Cys40, A: Cys43, A: Sf457,

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